ในปี พ.ศ. 2388 ภายหลังช่วงที่ พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงปราบกบฏอนุวงศ์ ทรงมีนโยบายล้มเลิกอาณาจักรเวียงจันทน์ และได้กวาดต้อนชาวเมืองคำเกิดมาสู่ยังดินแดนของไทยทางภาคอีสาน กลุ่มที่อพยพมาเป็นกลุ่มใหญ่ คือ กลุ่มท้าวคำก้อนเจ้าเมืองคำเกิดได้อพยพมาเข้ามาซึ่งเป็นกลุ่มญ้อ พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดเกล้าฯ ให้ชาวญ้อกลุ่มนี้ตั้งอยู่ท่าขอนยาง  พระราชทานเมืองว่าเมืองท่าขอนยาง โปรดเกล้าฯ ให้ พระคำก้อนเป็นพระสุวรรณภักดีเจ้าเมืองท่าขอนยางคนแรกเป็นเมืองจัตวา ขึ้นกับเมืองกาฬสินธุ์ ซึ่งเป็นเมืองเอก จากนั้นได้ร่วมกันกับชาวบ้านที่อพยพมาสร้างวัดขึ้นสองวัด ได้ประกอบอาชีพทำมาหากินอยู่ฝั่งเหนือของแม่น้ำชี ซึ่งเป็นแม่น้ำสำคัญทางการขนส่ง และการค้า แลกเปลี่ยนของเมืองท่าขอนยาง เพราะเนื่องจากฝั่งใต้เป็นเขตของเมืองร้อยเอ็ดจึงไม่มีการใช้พื้นที่ฝั่งนั้นในการทำมาหากิน หลังจากนั้นอีก 20 ปีต่อมา พ.ศ. 2408 จึงได้มีการตั้งเมืองมหาสารคามขึ้นตั้งแต่นั้นมาเขตฝั่งใต้ของแม่น้ำชีก็เป็นเขตของเมืองมหาสารคาม ต่อมาในปี พ.ศ. 2417 พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้โปรดเกล้าฯ ตั้งเมือง กันทรวิชัย ขึ้นอีกที่บริเวณบ้านคันธาร์ จากหลักฐานพบว่า พระสุวรรณภักดี (คำก้อน) เจ้าเมืองคนแรก ถึงแก่อนิจกรรม เมื่อ พ.ศ. 2396 จึงได้ให้อุปฮาต (ไม่ทราบชื่อ) เป็นสุวรรณภักดีคนที่สองแทนให้ท้าวหนูบุตรพระสุวรรณภักดี (คำก้อน) เป็นอุปฮาต เมื่อสุวรรณภักดีคนที่สอง ถึงแก่อนิจกรรม ไม่ปรากฏปีแน่ชัด พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงโปรดเกล้าฯ ให้ อุปฮาต (หนู) ขึ้นเป็นพระสุวรรณภักดีคนที่สาม เลื่อนราชวงศ์ ขึ้นเป็น อุปฮาต ให้ท้าวพรหมาเป็นราชวงศ์พระสุวรรณภักดี (หนู) ปกครองต่อมาจนถึงปี พ.ศ. 2426 เจ้าเมืองท่าขอนยางคนที่สาม ได้อพยพครอบครัว และผู้คนจำนวนหนึ่งจากเมืองท่าขอนยางไปทำราชการขึ้นกับเมือง ท่าอุเทน “จากการเกิดไม่พอใจกับเจ้าเมืองกาฬสินธุ์” จากนั้นเป็นต้นมา เมืองท่าขอนยางจึงไม่มีเจ้าเมืองปกครอง และพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ท้าวพรหมาเป็นผู้รักษาราชการเมืองท่าขอนยางแทน ตั้งแต่นั้นเป็นต้นมาเมืองท่าขอนยาง ตั้งแต่นั้นเป็นต้นมาเมืองท่าขอนยางก็ได้ลดความสำคัญลง นับเวลาทั้งหมด 94 ปี เฉพาะหมู่บ้านท่าขอนยาง แบ่งการปกครองออกเป็น 5 หมู่บ้าน คือ หมู่ที่ 1, 2, 3, และ 4 และแยกหมู่เพิ่มเติมในภายหลังเป็นหมู่ที่ 11 อีกหมู่หนึ่ง

          องค์การบริหารส่วนตำบลท่าขอนยาง ได้ยกฐานะตามพระราชบัญญัติสภาตำบลและองค์การบริหารส่วนตำบล พ.ศ.2538  เมื่อวันที่ 27 มีนาคม 2539 โดยมี นายสุจิตร  คันธาร์  กำนันตำบลท่าขอนยาง เป็นประธานกรรมการบริหารตำบล  และนายทองสุข  ชุ่มอภัย แพทย์ประจำตำบล เป็นประธานสภาองค์การบริหารส่วนตำบล
         เมื่อปี พ.ศ.2543 ได้นำเอาพระราชบัญญัติสภาตำบลและองค์การบริหารส่วนตำบล (แก้ไขเพิ่มเติม ฉบับที่ 3 พ.ศ. 2542)  มาบังคับใช้  โดยให้มีการเลือกตั้งสมาชิกสภาองค์การบริหารส่วนตำบล เมื่อปี พ.ศ. 2544 นายถนอม  จันหาญ เป็นประธานกรรมการบริหารส่วนตำบล และนายประทิน  ช่อประพันธ์ เป็นประธานสภาองค์การบริหารส่วนตำบล และปี พ.ศ.2545 ได้ยกฐานะตำแหน่งเป็นนายกองค์การบริหารส่วนตำบลท่าขอนยาง 
         ปี พ.ศ.2547 ได้ปฏิบัติตามพระราชบัญญัติสภาตำบลและองค์การบริหารส่วนตำบล (แก้ไขเพิ่มเติม ฉบับที่ 5) พ.ศ. 2546 ได้ให้นายกองค์การบริหารส่วนตำบลมาจากการเลือกตั้งโดยตรงแยกจากสมาชิกองค์การบริหารส่วนตำบล คือ นายชวน  บุตราช นายกองค์การบริหารส่วนตำบล และนายพงษ์ศักดิ์  แสนแก้ว ประธานสภาองค์การบริหารส่วนตำบล
         ปี พ.ศ.2549 ได้ปรับเป็นองค์การบริหารส่วนตำบลขนาดกลาง ตามมติคณะกรรมการองค์การบริหารส่วนตำบลจังหวัดมหาสารคาม ในการประชุมครั้งที่ 1/2549 เมื่อวันที่ 6 มกราคม 2549 
         ปี พ.ศ.2551 องค์การบริหารส่วนตำบลได้ยกฐานะเป็นเทศบาลตำบลท่าขอนยาง ตามประกาศกระทรวงมหาดไทย  ตั้งแต่วันที่ 17 กรกฎาคม 2551 และได้จัดให้มีการเลือกตั้งขึ้นในวันที่ 12 ตุลาคม 2551 โดยนายศุภชัย  บุตราช เป็นนายกเทศมนตรีตำบลท่าขอนยาง คนแรก และนายเจตนา  จันทร์เปล่ง เป็นประธานสภาเทศบาลตำบลท่าขอนยาง คนแรก
         ปี พ.ศ.2554 ตามมติคณะกรรมการพนักงานเทศบาลจังหวัดมหาสารคาม ในการประชุมครั้งที่ 8/2554 วันที่ 30 สิงหาคม 2554 เทศบาลตำบลท่าขอนยางได้ประกาศปรับโครงสร้างจากเทศบาลขนาดเล็กเป็นเทศบาลขนาดกลาง และได้ประกาศกำหนดโครงสร้างส่วนราชการและอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการของเทศบาลตำบลท่าขอนยาง เมื่อวันที่ 29 พฤศจิกายน 2554
         ปี พ.ศ.2555 เทศบาลตำบลท่าขอนยางได้จัดให้มีการเลือกตั้งนายกเทศมนตรีตำบลท่าขอนยางแทนตำแหน่งที่ว่าง ในวันที่ 26 กุมภาพันธ์ 2555 โดยได้นายชวน  บุตราช เป็นนายกเทศมนตรีตำบลท่าขอนยาง
         ปี พ.ศ.2555 เทศบาลตำบลท่าขอนยางได้จัดให้มีการเลือกตั้งนายกเทศมนตรีตำบลท่าขอนยางแทนตำแหน่งที่ว่าง และการเลือกตั้งสมาชิกสภาเทศบาลที่หมดวาระ ในวันที่ 25 พฤศจิกายน 2555 โดยนายสมชาติ  บุตราช ได้รับเลือกตั้งเป็นนายกเทศมนตรีตำบลท่าขอนยาง และนายเรืองชัย  วิลาศ เป็นประธานสภาเทศบาลตำบลท่าขอนยาง
         ปี พ.ศ.2564 เทศบาลตำบลท่าขอนยางได้จัดให้มีการเลือกตั้งนายกเทศมนตรีตำบลท่าขอนยางและสมาชิกสภาเทศบาลตำบลท่าขอนยาง กรณีพ้นจากตำแหน่งเพราะเหตุอื่นใดนอกจากครบวาระ ในวันที่ 28 มีนาคม 2564 โดยนางศุจีนันนท์  บุตราช ได้รับเลือกตั้งเป็นนายกเทศมนตรีตำบลท่าขอนยาง และนายถาวร  อาจนนลา เป็นประธานสภาเทศบาลตำบลท่าขอนยาง